În cazul în care sistemul imunitar este prea activ, organismul atacă şi distruge propriile ţesuturi (boli autoimune). Atunci când sistemul imunitar este prea lent, abilitatea organismului de a lupta cu infecţiile scade.
Dintre afecţiunile provocate de o proastă funcţionare a sistemului imunitar amintim alergiile şi astmul. Alergiile sunt cauzate de reacţia sistemului imunitar la substanţe străine care nu sunt periculoase. Specialiștii spun că alimente şi particule inhalate, precum polenul sau părul animalelor sunt cei mai comuni alergeni. Practic, atunci când sistemul imunitar simte un alergen, stimulează eliminarea unor substanţe precum histamina. Potrivit studiilor, simptomele unei reacţii alergice pot include probleme de respiraţie, iritaţii ale ochilor, mâncărime, congestie nazală, sau greaţă şi vărsături. De asemenea, medicaţia poate reduce simptomele, însă evitarea expunerii la alergeni este cel mai bun tratament preventiv.
La rândul său, astmul este o afecţiune în care sistemul imunitar devine prea activ în căile respiratorii. Persoanele cu astm suferă de episoade periodice de constricţie a căilor respiratorii, iar ca răspuns la un stimul necunoscut, sistemul imunitar începe să producă anticorpi care în loc să lupte cu infecţiile, atacă propriile ţesuturi. De exemplu, în cazul artritei reumatoide, sistemul imunitar atacă articulaţiile, cauzând inflamaţie şi durere. Cei cu lupus eritematos sistemic, în schimb, dezvoltă anticorpi care se pot ataşa ţesuturilor din organism. Astfel, articulaţiile, plămânii, nervii şi rinichii sunt afectaţi de această boală. În astfel de situații, sistemul imunitar atacă intestinele cauzând episoade de diaree, rectoragii, dureri abdominale, febră şi pierdere în greutate.